Retrieve - Existe uma opção para baixar PDFs para a mesma pasta ao invés de criar uma subpasta para cada envelope?

Sim, isso pode ser controlado sob a Saída > Opções de Salvar Formato de Arquivo.
 
Opções de Arquivo Zip e PDF Mesclado criarão uma estrutura de diretórios simples.
 
https://support.docusign.com/guides/retrieve-quick-start-guide (inglês)